光子的临床应用理论基础是选择性光热理论，即光子所释放的一个波段的能量在到达靶目标时，不会伤害皮肤及附近的正常组织，或仅有少部分光被正常组织所吸收，而让大部分能量被特定目标所吸收。

　　治疗血管性病变时，光子产生的热能，使病灶的温度上升到足够高温而被破坏。具体原理是血管中的血红蛋白和氧和血红蛋白可高度吸收吸收光能后产生热，当血液温度足够高时，则发生凝结并破坏血管壁(血管对表皮的升温比值达到最大时效果最好)。

　　治疗色素性疾病：光子能量被病变或发色团所吸收，对周围组织几乎没有非特异性损伤。黑色素吸收光能被转变成热能后，后者将黑色素细胞温度升高，当升到足够高时，这些细胞就被破坏，引起病变崩解。

　　光子除皱：光子能量在通过表皮层后，被真皮网状层血管吸收，其光能量强度不足以引起血管破碎或血凝，可引发轻微炎症反应，炎症介质从血管壁的内皮细胞中被释放，进入真皮间质中，刺激纤维原细胞活性，这些纤维原细胞开始有效行使组织修复机制，包括胶原重塑，使胶原纤维和弹力纤维重新排列进而恢复和提高皮肤弹性;另外水对强脉冲光中部分波长吸收较好，而真皮中胶原纤维含水量高，故对与胶原纤维异常有关的皮肤老化也有良好的效果。

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